আত-তাখাসসুস ফিল আদবিল আরাবি: 

এ বিভাগটি প্রখ্যাত আদিব সাহেবদের সার্বক্ষণিক তত্ত্বাবধানে পরিচালিত। দাওরায়ে হাদিস পাশ করা অত্যন্ত মেধাবী ছাত্রদের এ বিভাগে ভর্তি করানো হয়। এ কোর্সের মাধ্যমে আলেমদেরকে আরবি সাহিত্যে উচ্চতর জ্ঞান দান করা হয়। এ কোর্সে উত্তীণ© ছাত্ররা ‘আদিব’ সনদ লাভ করে।

আততাখাসুস ফিল ফিকহি ওয়াল ইফতা:

 এ বিভাগটি অত্যাধুনিক দারুল ইফতার সকল আয়োজন নিয়ে প্রখ্যাত মুফতি সাহেবদের সার্বক্ষনিক তত্ত্বাবধানে পরিচালিত। কিতাব বিভাগের সর্বোচ্চ ক্লাস দাওরায়ে হাদিসে কেন্দ্রীয় পরীক্ষায় কমপক্ষে প্রথম বিভাগে উত্তীর্ণ© ছাত্রদের এ বিভাগে ভর্তি করানো হয়। এ কোর্সের মাধ্যমে আলেমদেরকে যুগ সমস্যার সমাধানে যোগ্যতাসম্পন্ন করে তোলা হয়। এ কোর্সে উত্তীণ© ছাত্ররা ‘মুফতি’ সনদ লাভ করে। এ বিভাগ থেকেই মানুষের ব্যক্তিগত, পারিবারিক ও সামাজিক বিভিন্ন অবস্থা ও পরিস্থিতিকে শরীয়তের দৃষ্টিকোণ থেকে বিচার বিশ্লেষণ করে যাবতীয় সমস্যার ইসলামি সমাধান প্রদান করা হয়। উল্লেখ্য যে, এ বিভাগের মাধ্যমে সরাসরি ফাতওয়া লাভের পাশাপাশি অনলাইনে দ্বিনি বিষয়ে প্রশ্নোত্তরের ব্যবস্থা রয়েছে। এ উদ্দেশ্যে মাদরাসার নিজস্ব ওয়েব সাইটে প্রশ্ন-উত্তর বিভাগ রয়েছে। অন লাইনে ফাতওয়া জানতে দয়া করে ভিজিট করবেন: www.jamiamuhammadia.edu.bd

এটি জামি‘আর প্রধান বিভাগ। এ বিভাগে সুবিন্যস্ত শ্রেণি পদ্ধতিতে প্রয়োজনীয় বাংলা, ইংরেজি ও গণিতসহ কুরআন, হাদিস, ফিকহ, আক্বায়েদ, আদব, বালাগাত ও হিকমত ইত্যাদি বিষয়ে পূর্ণ পারদর্শী করে গড়ে তোলা হয়। এ সব বিষয়ে উত্তীর্ণ ছাত্ররা ‘মাওলানা’ উপাধি লাভ করে।

হিফজ বিভাগ: 

এ বিভাগে মক্তব/নাজেরা থেকে পাস করা শিশু-কিশোরদেরকে অনূর্ধ্ব চার বছরে পূর্ণন কুরআন শরিফ উত্তমরূপে হিফজ করানো হয় এবং আন্তর্জাতিক মানের হাফেজে কুরআনরূপে গড়ে তুলতে সর্বাত্বক চেষ্টা করা হয়।

নাজেরা বিভাগঃ

 এ বিভাগে তারতিল ও দ্রুততার সাথে পবিত্র কুরআন শরিফ পড়তে সক্ষম করে তোলা হয়। তৎসঙ্গে সহজ পদ্ধতিতে বাংলা, ইংরেজি ও গণিত বিষয়ে শিক্ষা দেয়া হয়।

মক্তব বিভাগ : এ বিভাগে শিশু প্রকৃতির সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণন বিজ্ঞানভিত্তিক নূরানি পদ্ধতিতে আবশ্যকীয় মাসায়েল, দোয়া, কালিমা, উযু, নামায ইত্যাদির বাস্তব প্রশিক্ষণসহ পবিত্র কুরআন শরিফ সহিহ শুদ্ধরূপে পড়তে সক্ষম করে তোলা হয়। অর্থ সহকারে চল্লিশটি হাদীসের প্রশিক্ষণ, সুন্দর ও সহিহ-শুদ্ধরূপে কুরআন শরিফের আমপারা মুখস্থ করিয়ে দেয়া হয়। তৎসঙ্গে সহজ পদ্ধতিতে প্রাথমিক বাংলা, ইংরেজি ও গণিত বিষয়ে শিক্ষা দেয়া হয়।